میکروتوم (Microtome)، یک دستگاه پزشکی است که برای برش نمونه‌های آزمایشگاهی، نظیر بافت، سلول، باکتری و... به کار می‌رود. این دستگاه به صورت دستی یا برقی عمل می‌کند و برای برش نمونه به شکل نازک و دقیق، طراحی شده است.
در دستگاه میکروتوم، نمونه‌های آزمایشگاهی در قسمتی به نام بلوک قرار می‌گیرند و با استفاده از یک برش دهنده، برش‌های زیر میلی‌متری از نمونه‌ها تهیه می‌شوند. برش‌هایی که با استفاده از میکروتوم تهیه می‌شوند، برای تحلیل تحت میکروسکوپ قرار می‌گیرند و می‌توانند به تشخیص بیماری‌ها و بررسی بافت‌ها کمک شایانی کنند.
در دستگاه میکروتوم، قابلیت تنظیم ضخامت برش‌ها وجود دارد و با توجه به نوع نمونه‌ای که قرار است برش داده شود، ضخامت مناسب برش قرار داده می‌شود. همچنین، در برخی از دستگاه‌های میکروتوم، می‌توان از تکنولوژی خنثی‌سازی برای جلوگیری از افتادن بافت‌ها در هنگام برش استفاده کرد.
در انواع مختلف میکروتوم‌ها، قابلیت تنظیم ضخامت برش، نوع برش (افقی یا عمودی)، سرعت برش و قابلیت تنظیم دمای محیط برش وجود دارد. همچنین، برخی از میکروتوم‌ها با دارا بودن سیستم خنثی‌ساز، بافت‌ها را در هنگام برش در جای خود نگه می‌دارند تا از افتادن آنها جلوگیری شود.
استفاده از دستگاه میکروتوم برای پژوهش‌های علمی در زمینه پزشکی، زیست شناسی، شیمی و دیگر علوم آزمایشگاهی بسیار حائز اهمیت است. با استفاده از این دستگاه، می‌توان برش‌هایی را با ضخامت دلخواه از نمونه‌های آزمایشگاهی تهیه کرد و از آنها برای تحلیل و بررسی‌های مختلف استفاده کرد.